Управление проектом осуществляется на трёх уровнях.
Правительство Республики Таджикистан
Заёмщик по Соглашению, обеспечивает общий контроль реализации проекта.
Агентство мелиорации и ирригации
Заказчик проекта, осуществляет отраслевой контроль и межведомственную координацию.
Группа реализации проекта (ГРП)
Повседневное управление проектом: закупки, финансовое управление, контроль исполнения контрактов, мониторинг и отчётность, соблюдение экологических и социальных требований.